我国微生物肥料改良土壤的研究在上世纪中后期发展迅速，随着微生物的研究和发展，微生物菌剂的种类逐渐增多。我国对微生物肥料的研究已基本形成规模，菌种种类不断丰富。目前，许多国家的学者已经分离出多种具有降解污染能力的菌株，发现了20多种具有潜在防病促生作用的根际微生物，并对其特性进行了综合研究，取得了良好的效果。

微生物菌剂肥料可以抑制某些作物中的病原菌。有益菌在根际迅速繁殖，在根区形成优势种群，减少或抑制根际病原微生物的繁殖，对减少或抑制作物病害的发生有很好的作用；微生物肥料中存在的许多有益根际细菌也能产生抗生素、铁载体等抑制细菌或真菌病害的物质，有些还能诱导系统抗性，促进植物生长。

1.改善盐渍化土壤的物理性质，提高土壤肥力

微生物菌剂肥料中产生的对微生物有益的糖类占土壤总有机质的0.1％，有助于改善土壤团聚体结构，减少土壤颗粒流失，增强土壤物理性质。在特定的情况下，一些微生物也可以影响腐殖质的形成，从而增强土壤保水保肥的能力，为作物提供有效的养分。

与不施肥、常规施肥和基质处理相比，盐渍土容重分别降低0.05、0.03和0.02gcm-3，细菌总数分别增加106.04％、58.99％和48.12％。蔬菜质量也有所提高。与化肥和不施肥相比，蔬菜中NO3-含量分别降低1.80毫克/公斤和0.14克/公斤。

2.增强作物抗病能力，促进植物生长发育

在盐碱地上施用微生物菌剂肥料可以为作物提供丰富的营养元素。根际细菌能促进作物对锰的吸收，减少土壤中的锰。锰作为各种酶的激活剂，可以调节氧化还原过程，促进作物的光合作用和氮代谢，在作物生长中发挥重要的生理作用。辛格和雷迪在pH高达8.1的盐碱地上接种了草酸青霉。作物生长两个月后，盐碱土壤有效磷和有机碳含量增加，作物磷含量也相应增加。