工业污水特别是制药污水处理现已成为治污的首要问题。对于业内公认的制药厂排水的处理也成为关注的焦点。此类污水由于结构相对稳定、有机物存在形式易变化，不好把握水中有机物的组成和含量，对污水处理又提出了新的挑战。经过几十年的探索我国治水领域技术不断涌现。

制药类污水中含有许多材料残留，抗菌性和毒性高。需要特殊的方法针对污水实际情况开展。依据不同种类制药污水的特点，可以总结出可以借鉴的应用制药污水处理方法。一般说来，对不溶于水的污染物可以利用沉淀、过滤方法，这些技术处理安全、费用不高、效果好，但一般仅用于预处理和一级处理过程，对于可溶性有机物来说一般根据易不易沉淀来考虑，易于沉选用沉淀去除，不易沉淀的颗粒物则多用滤膜法、离心法，分离过滤效果较好。

对于那些又具有溶解性又十分难降解微小污染物，比如抗生素污水的出水残留物，这些物质主要使用吸附方法。二级处理主要对于可溶性有机物处理，难降解微小可溶性物质需要在三级处理环节去除。用物理化学生物等方法是处理的基础。物理方法主要是对悬浮小颗粒、难溶解物质的去除。

比如：离心、过滤、膜分离和吸附法处理；

制药污水处理方法的化学方法主要是加药絮凝，利用胶体絮凝作用分离出污染物质。多用于深度处理环节，一些特殊情况也可以放在一级处理进行，对重金属等小颗粒污染物常用无机盐反应沉淀。处理顺序一般也是先处理有机易降物质，后去除可溶性不易降解污染物。